高等教育科学研究所是北京教育科学研究院专门从事高等教育理论与政策研究的业务部门。

1987年4月，经北京市委书记办公会讨论同意，市委办公厅发文（京常字【87】28号）成立北京市高等教育研究所和北京市高等学校领导干部培训中心，由中共北京市委教育工作部直接领导管理（后隶属于北京市高等教育局）。建所宗旨是为北京市高等教育的宏观决策和中心工作服务，促进北京市高等教育事业的建设和发展。

1996年8月，并入北京教育科学研究院，设立高等教育科学研究所。

高等教育科学研究所现有职工14人，其中专职研究人员13人。主要研究领域有：高等教育战略与规划、高等教育质量监测与评价、高等教育区域协同发展、产学研合作教育、大学生创新创业教育以及高等职业教育等。