关于税收问题，《若干意见》做出如下规定：民办学校按照国家有关规定享受相关税收优惠政策。对企业办的各类学校、幼儿园自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。对企业支持教育事业的公益性捐赠支出，按照税法有关规定，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除；对个人支持教育事业的公益性捐赠支出，按照税收法律法规及政策的相关规定在个人所得税前予以扣除。非营利性民办学校与公办学校享有同等待遇，按照税法规定进行免税资格认定后，免征非营利性收入的企业所得税。

“没有具体条文指明营利性学校将取得怎样的税收优惠，业内‘类比高新企业，按15%收取所得税’的呼声没能实现。”吴华告诉记者，如果9月1日之前，国家税务总局没有出台相应减免通知，则意味着，营利性民办学校将按照“增值税6%，所得税25%”缴纳税费。“这些费用将达到民办学校收入的15%左右。按照行业的平均估算，民办学校结余约占当年收入的30%，如果税收占15%，则意味着民办机构结余将减少一半。”

“地方没有权力制定税收减免举措。”一位不愿具名的专家表示，税由法定，“税收优惠”的说法不能为地方留下政策空间。“作为最有可能明确这一问题的国家级民促法配套文件，《若干意见》中没有相关条文，我们只能呼吁税务部门出台相应的补充通知。”