1.       教育发展研究中心(1) (2) 2.      基础教育科学研究所 3.      基础教育教学研究中心 4.      基础教育课程教材发展研究中心 5.      职业教育与成人教育研究所 6.      职业教育与成人教育教学研究中心 7.       高等教育科学研究所(1) (2) 8.       民办教育研究所 9.       教育信息中心(1) (2) 10.  德育研究中心与可持续发展教育研究中心 11.   早期教育研究所 12.  教师研究中心 13.  期刊部 14.  党委工作部 15.  干部人事处 16.  行政后勤处(1) (2) 17.   科研管理处与北京市教育科学规划领导小组办公室 18.   国有资产管理委员会办公室